ادارات منابع طبیعی شهرستان‌ها که به‌عنوان تنها مرجع صالحی که در حوزه استحفاظی خویش، مستقیماً و بدواً مبادرت به اعلام ملی بودن اراضی می‌نمایند، خوانده دعوای اعتراض قرار می‌گیرند.
البته باید توجه داشت که علیرغم وحدت شخصیت حقوقی وزارت جهاد کشاورزی و سازمان‌های تابعه آن ازجمله ادارات کل منابع طبیعی و آبخیزداری استان ها، بهتر است در هر دعوا همان اداره منابع طبیعی شهرستانی که زمین در آن واقع‌شده است، خوانده دعوا قرار بگیرد؛
زیرا علاوه بر اینکه ادارات شهرستان‌ها خود بدواً اقدام به تشخیص نموده و نقطه شروع دعوا بوده اند، از این طریق مصالح عملی بیشتر تأمین گشته و اطاله دادرسی و بوروکراسی اداری نیز کاهش می یابد.
۲- مالکان اراضی و صاحبان باغ‌ها و تأسیسات و زارعان صاحب اراضی نسقی
اشخاص حقوقی عمومی در یک فرض حق‌دارند خواهان دعوای اعتراض به تشخیص قرار گیرند و آن زمانی است که مراجع بدوی (اعم از هیئت ماده‌واحده تعیین تکلیف اراضی اختلافی موضوع ماده ۵۶ یا شعب ویژه محاکم دادگستری) نظریه ادارات منابع طبیعی مبنی بر تشخیص ملی بودن را نقض نمایند و آن‌ها را ازجمله مستثنیات قانونی به شمار آورند.
۳- سازمان مسکن و شهرسازی شهرستان
امروزه به دلیل رشد و گسترش فزاینده شهرها، بسیاری از اراضی ملی که قبلاً خارج از محدوده قانونی شهرها بودند به‌تدریج وارد محدوده قانونی شهرها شده و لذا وضعیت فعلی آن‌ها متفاوت گردیده است.
بدیهی است با ورود این قسم اراضی به داخل محدوده قانونی شهرها، سازمان صالح در تصدی و تولیت آن‌ها نیز دچار تحول می‌گردد.
آنچه در این رابطه به ارکان دعوای اعتراض مرتبط است، داخل شدن قسمت کثیری از اراضی ملی به محدوده قانونی شهرهاست.
حال با این مسئله مواجه هستیم که سازمان صالح در تصدی این اراضی، وزارت جهاد کشاورزی و سازمان‌های تابعه است یا وزارت راه، مسکن و شهرسازی؟
همان‌گونه که برخی نویسندگان به‌درستی اظهار داشته‌اند، باید گفت که به استناد ماده ۱۰ قانون زمین شهری مصوب ۱۳۶۶ تصدی این اراضی به وزارت راه، مسکن و شهرسازی منتقل گردیده و اسناد آن نیز به نام همین وزارتخانه تنظیم می‌گردد. گفتنی است تبصره ۱ ماده ۲۰ آیین نامه اجرایی قانون زمین شهری در خصوص تنظیم اسناد اراضی ملی شده به نام وزارت مسکن و شهرسازی تصریح دارد:
«صدور سند مالکیت زمین‌های ملی شده یا سایر زمین‌های دولتی واقع در محدوده مورد عمل قانون، به نام وزارت مسکن و شهرسازی نیاز به تحویل و تنظیم صورت جلسه از طرف سرجنگلداری‌ها ندارد.»
اما باوجوداین مقدمات هنوز نمی‌توان پاسخ مسئله فوق را به نحو قطعی اظهار داشت؛
از سویی ماهیت خواسته دعوا عبارت از اعتراض به تشخیص است و می دانیم که تشخیص در صلاحیت انحصاری ادارات منابع طبیعی است و این امر اقتضا می‌نماید که همین مرجع خوانده دعوا قرار گیرد، از سوی دیگر ذی نفع بالفعل دعوا به دلیل انتقال اسناد مالکیت و تصدی امور اراضی ملی در داخل محدوده شهرها، سازمان مسکن و شهرسازی است.
به نظر می‌رسد در فرضی که اراضی ملی داخل محدوده قانونی شهرها قرارگرفته باشد، خوانده دعوای اعتراض سازمان مسکن و شهرسازی شهرستان باشد؛
چراکه فقط سازمان مذکور به دلیل داشتن نفع و سمت حق ورود در دعوا را دارد و عملاً نیز همین سازمان با طرح ادعای ملی بودن، از متصرفان خلع ید از ملک را درخواست می‌کند.
بنابراین باید تصدی و تولیت تام سازمان مسکن و شهرسازی در خصوص اراضی ملی واقع در محدوده قانونی شهرها را موردپذیرش قرار دهیم و طبعاً دعوایی که در آن سازمان مزبور خوانده قرارگرفته را مسموع بدانیم.
با توجه به اینکه فرایند تشخیص اراضی توسط ادارات منابع طبیعی صورت می گیرد و برگه تشخیص را مرجع مذکور صادر می‌نماید، چنانچه خواهان دعوا از اشخاص حقیقی باشند، باید ادارات منابع طبیعی را نیز در کنار سازمان مسکن و شهرسازی خوانده دعوا قرار داد.
بنابراین در این‌گونه اراضی که وارد محدوده قانونی شهرها شده اند، باید هر دو مرجع مذکور طرف دعوا قرار گیرند.